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硫氰酸胍可作为生化试剂，医药中间体，用于油脂工业脱脂，日用化工中作为强脂降解剂，目前的生产工艺，得到的产品纯度不是很高，而在使用中，有些则对硫氰酸胍的纯度要求很高。
硫氰酸胍属于解偶剂，是一类强力的蛋白质变性剂，可溶解蛋白质，主要作用是裂解细胞，使细胞中的蛋白，核酸物质解聚得到释放，提取RNA和DNA。